chip_seq在增強子研究中的應(yīng)用是怎樣的
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增強子是真核生物基因組中的一段長度在幾十到幾千bp之間的DNA序列，可以顯著提高靶標基因的轉(zhuǎn)錄活性，屬于順式作用元件的一種。
1981年Benerji在SV40 DNA中發(fā)現(xiàn)一個140bp的序列，可以大大提高血紅蛋白融合基因的表達水平，位于SV40 早期基因的上游， 由兩個正向重復(fù)序列組成，每個長度在72bp 。
和啟動子區(qū)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控機制相比，增強子的作用方式有以下幾個特點
具有遠距離效應(yīng)，增強子和靶標基因的距離可以非常的遠，從幾K到幾M的距離都可以
無方向性，增強子可以對其兩側(cè)的靶標基因進行調(diào)控，而且靶基因可以在任意一條鏈上，而啟動子只能下游臨近的基因
鑒定增強子的方法多種多樣，在chip_seq領(lǐng)域，常用的有以下幾種方式
對多個轉(zhuǎn)錄因子的peak區(qū)域進行聚類，識別增強子區(qū)域
將H3K4me1和K3K27ac這兩種組蛋白修飾作為增強子區(qū)的mark
使用II型RNA聚合酶的最大亞基POLR2A作為抗體進行chip_seq，識別增強子
使用組蛋白乙?；D(zhuǎn)移酶P300作為抗體進行chip_seq,識別增強子
通過對chip-seq數(shù)據(jù)進行分析，鑒定出了非常多的增強子序列。在此基礎(chǔ)上，進一步提出了超級增強子的概念，將增強子富集的區(qū)域定義為超級增強子，識別的方法如下
首先利用chip數(shù)據(jù)識別到增強子區(qū)域，然后對增強子區(qū)進行合并， 距離在12.5kb范圍內(nèi)的增強子合并為一個區(qū)域，最后將合并后的區(qū)域和未合并的區(qū)域根據(jù)某種score進行排序，畫出第三步的圖，將斜率在1以上的區(qū)域稱之為超級增強子。
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